Program Sarjana merupakan program pendidikan Strata 1 yang lulusannya berkualifikasi sebagai sarjana yang ditempuh minimal dalam 8 semester dengan jumlah kredit minimal 144 SKS (Sistem Kredit Semester) dan maksimal 150 SKS. Program Sarjana terdiri dari berbagai bidang ilmu, baik ilmu eksakta maupun non-eksakta.
Universitas Yapis Papua sebagai penanggungjawab pengelolaan program-program studi tersebut merupakan institusi pendidikan tinggi yang telah terakreditasi oleh BAN PT dengan Peringkat Akreditasi B (Baik).

Fakultas Ekonomi dan Bisnis:

1. Program Studi Manajemen - Terakreditasi B
2. Program Studi Akuntansi - Terakreditasi B

Fakultas Hukum:

1. Program Studi Ilmu Hukum - Terakreditasi B

Fakultas Ilmu Sosial dan Ilmu Politik :

1. Program Studi Ilmu Pemerintahan - Terakreditasi B
2. Program Studi Ilmu Administrasi Negara - Terakreditasi B

Fakultas Perikanan dan Ilmu Kelautan :

1. Program Studi Budidaya Perairan - Terkreditasi B

Fakultas Agama Islam :

1. Program Studi Pendidikan Agama Islam - Terakreditasi B
2. Program Studi 

Fakultas Teknik

1. Program Studi Teknik Sipil - Terakreditas B
2. Program Studi Arsitektur - Terakreditasi Baik

Fakultas Ilmu Komputer

1. Program Studi Sistem Informasi - Terakreditas B
2. Program Studi Informatika - Terakreditasi Baik

Fakultas Keguruan dan Ilmu Pendidikani :

1. Program Studi Pendidikan Guru Sekolah Dasar - Terakreditas Baik
2. Program Studi Bahasa Inggris - Dalam Proses Pengusulan