Universitas Yapis Papua, yang merupakan salah satu universitas swasta terkemuka di Propinsi Papua, didirikan pada tahun 1963 dan kampusnya terletak di kota Jayapura. Universitas Yapis Papua sebagai salah satu lembaga pendidikan tinggi swasta di tanah Papua selalu berupaya melakukan pembenahan kualitas manajemen kelembagaan baik manajemen pelayanan akademik dalam proses belajar mengajar maupun kurikulum sesuai visi dan misi Universitas Yapis Papua.
Salah satu wujud dan peran serta kaum muslimin di tanah Papua dalam rangka ikut serta membangun dan membina watak bangsa yang pancasilais sesuai UUD 45 khususnya dalam penyiapan sumber daya manusia yang berkualitas dan bermartabat dan handal. Yayasan Pendidikan Islam (YAPIS) berdasarkan akta notaris yang pada saat itu Bupati Sukarnapura (Drs. Anwar Ilmar) selaku pejabat notaris mengeluarkan akta atas nama Yayasan Pendidikan Islam Nomor 2 tanggal 13 Januari 1969.
Perjalanan panjang dan kontribusi Yayasan Pendidikan Islam dalam pengembangan pendidikan selama kurang lebih 37 tahun telah dilakukan dengan mewujudkan Taman Kanak-kanak (TK), Sekolah Dasar (SD Hikmah Yapis I dan II), Sekolah Menengah Pertama (SMP), Sekolah Menengah Umum (SMU) dan bahkan Perguruan Tinggi yaitu Sekolah Tinggi Ilmu Ekonomi Yapis (STIE) yang didirikan pada tanggal 11 Maret 1974. Keberadaan sejumlah jenjang pendidikan tersebut di atas menempati lokasi lahan seluas 20.214 M2 yang berada di lembah pada kelurahan Mandala Jayapura.
Dalam kurun waktu 20 tahun terakhir, bersamaan dengan jalannya reformasi di bidang pendidikan memberikan dorongan akan penyiapan sumber daya manusia di berbagai sektor, kondisi inilah yang memberikan inspirasi dan peluang dalam rangka ikut serta memberikan kontribusi yang positif di bidang penyiapan tenaga trampil yang berkualitas. Konsekuensi perubahan kelembagaan pendidikan tinggi dimaksud secara kronologi.

1. Pada tanggal 11 Maret 1974, didirikan Akademi Ilmu Administrasi dan Akuntansi (AIA&A) YAPIS Jayapura dengan 2 (dua) jurusan yakni: Jurusan Administrasi Negara dan Jurusan Akuntansi. Akademi ini diresmikan oleh Bapak Acub Zaenal (Gubernur KDH. Tingkat I Irian Jaya) pada tanggal 11 Maret 1974. berdasarkan surat keputusan Menteri Pendidikan dan Kebudayaan R.I. Nomor : 079/U/1/1978 tanggal 3 Maret diberikan status terdaftar.
2. Pada tahun 1984, Akademi Ilmu Administrasi dan Akuntansi YAPIS Jayapura, Berdasarkan Surat Keputusan Menteri Pendidikan dan Kebudayaan R.I. Nomor : 0336/0/1984 tanggal 9 Agustus 1984 diganti menjadi Akademi Sekretaris dan Manajemen (ASM) YAPIS Jayapura, terdiri dari 2 (dua) jurusan yakni Jurusan Sekretaris dan Manajemen Akuntansi.
3. Dalam rangka persiapan ke jenjang program S1, berdasarkan Surat Keputusan Koordinator Kopertis wilayah IX Nomor: 603 Tahun 1986 tanggal 28 Juni 1986: Akademi Sekretaris dan Manajemen diubah menjadi Sekolah Tinggi Manajemen (SETIMA) YAPIS Jayapura dengan Jurusan Manajemen Perkantoran dan Manajemen Akuntansi.
4. Perkembangan selanjutnya, dalam rangka penataan jalur serta jenjang Perguruan Tinggi, berdasarkan Surat Keputusan Menteri Pendidikan dan kebudayaan R.I. Nomor : 0323/0/1988 tanggal 4 Juli 1988, Sekolah Tinggi manajemen (SETIMA) YAPIS Jayapura diubah menjadi Sekolah Tinggi Ilmu Ekonomi (STIE) YAPIS Jayapura dengan Program Studi Manajemen Perkantoran dan Program Studi Akuntansi.
5. Sejalan dengan tuntutan perkembangan dan kebutuhan dibidang pendidikan tinggi dan dalam upaya diversifikasi program studi maka STIE YAPIS beralih status menjadi Universitas sesuai dengan Surat Keputusan Menteri Pendidikan Nasional R.I.Nomor : 58/D/0/2004, Tanggal 26 April 2004, tentang Pendirian Universitas Yapis Papua di Jayapura dan ijin penyelenggaraan Program Studi yang diselenggarakan oleh Yayasan Pendidikan Islam di Tanah Papua.

Diversifikasi program studi Universitas Yapis Papua dalam implementasinya guna meningkatkan pengelolaan manajemen secara proporsional dan guna meningkatkan performance kelembagaan secara utuh di tingkat fakultas dan program studi yang dikelola. Universitas Yapis Papua telah berperan aktif dalam mengembangkan ilmu pengetahuan, dan teknologi, serta mempunyai andil besar dalam mencerdaskan kehidupan bangsa, mengatasi berbagai persoalan bangsa, meningkatkan kesejahteraan masyarakat, dan memelihara kelestarian lingkungan dan budaya, khususnya di Tanah Papua. Telah banyak jalinan kerjasama yang telah dibangun Universitas Yapis Papua dengan berbagai institusi di dalam maupun luar negeri dalam upaya mewujudkan visi dan misi yang diembannya. Namun demikian, Universitas Yapis Papua dituntut untuk selalu memperbaiki kualitas proses pendidikannya disertai dengan upaya peningkatan relevansinya dalam rangka persaingan global. Diharapkan dimana pada tahun-tahun yang akan dating Universitas Yapis Papua menjadi perguruan tinggi pilihan masyarakat.